Après avoir travaillé au service magazine de Radio France internationale et au programme Afrique d’Amnesty International à Londres, Guillaume Colin rejoint la FIACAT en septembre 2006 comme représentant de la FIACAT auprès des Nations unies. Il crée ensuite le poste de représentant de la FIACAT auprès de la Commission africaine des droits de l’Homme et des peuples (CADHP) et pilote depuis Paris et Bobo Dioulasso un programme de trois ans visant à améliorer les conditions de détention au Burkina Faso. Fort de cette expérience de terrain, Guillaume met en place, en 2012, le programme de la FIACAT visant à accompagner les ACAT dans l’abolition de la peine de mort en Afrique subsaharienne.
Il devient, en 2018, le Directeur exécutif de la FIACAT.
Parallèlement, il est chargé d’enseignement dans le master 2 solidarité et actions internationales à la Faculté de Sciences Sociales et Économiques (FASSE) de l’Institut catholique de Paris (ICP) où il enseigne le montage et la gestion de projets et à Science Po Bordeaux où il enseigne les techniques de plaidoyer dans le domaine des droits humains.